La tercera temporada es la primera temporada en dividirse en dos partes, la primera con un total de trece episodios conocidos como Villanos, y la segunda parte como volumen 4: fugitivos. Momentos después del asesinato de Nathan, Peter y Matt no tardaran en dar con la identidad del asesino, sin embargo el atacante les pondrá bien en claro que en sus asuntos nadie se mete, primero insertando a Peter en el cuerpo de un criminal con superpoderes, mientras Matt es enviado al desierto de África.